12月12日9時49分ごろ、北朝鮮の長距離弾道ミサイルとみられる機体が発射されたとの連絡が石垣市役所に入り、庁内は市長をはじめ職員が対応に追われた。
市役所内の全国瞬時警報システム「J-ALERT」は、9時55分にアラームが鳴り、市長室にいた中山義隆石垣市長は同フロアの総務課に行き、緊急情報ネットワークシステム「Em-Net(エムネット)」を見つめた。
総務課は、エムネットや電子メール、ファクスで寄せられる情報を整理する職員が慌ただしく動き、市長に報告した。常駐する自衛隊員も電話で報告する様子が見られた。多くのマスメディアが総務課周辺で取材にあたるなど、辺りは騒然とした。
10時35分、中山市長はマスメディアの会見に応じ「北朝鮮にはあらためて抗議したい。市民の皆さんには防災無線を通じてスムーズに広報できた。教育委員会を通じて各学校にも連絡した。今のところ被害の報告はない。不意を突かれた形とはなったが、しっかりと対応できた」と話した。
市民は「石垣島に落ちなかったようでホッとした。これで安心できる」「防災無線が聞こえなかった。気がつかないうちに石垣島上空を通過していたと思うと怖い」「ラジオを聞いていたが放送は何も変わらなかった。もしミサイルが石垣島に落ちたらと思うとゾッとする」などと感想を話していた。
パトリオットミサイルPAC3が配備された、八島町新港地区は、10時過ぎにヘリコプターが飛び交う様子はあったが、PAC3の発射はなかった。
石垣市は今後も引き続き情報収集にあたるという。