石垣市は現在、市民による「沖縄県離島住民割引運賃カード」（以下離島割引）の受け付けを行っている。石垣－那覇間の割引は4月1日から適用され、搭乗日に変更可能なチケットが最大38％引となる。

　石垣－那覇間はスカイマークが2013年7月から運行を始めたことで航空運賃が下がったことから離島割引が保留されていたが、同社が3月29日に石垣空港から撤退することを受け解除される。

　離島割引は、沖縄県振興特別推進交付金（一括交付金）を活用し、離島住民の交通コスト負担軽減事業で発行、今年2月まで3万1941枚発行している。2012年4月1日以降に発行された「新カード」はそのまま使うことができる。

　年間を通じていつでも利用でき（割引率は変動）、当日予約や片道での購入、小児・障がい者割引運賃での利用は還付金請求ができる（本年度の請求は4月3日まで）。

　市民課は「旧カードは使えないので注意してほしい。これから引っ越しのピークで窓口が混雑することから、不要不急の場合は3月25日～4月3日の申請は控えてほしい」と呼び掛ける。

　カード発行は、3カ月以内に撮影した縦3センチ×横2.5センチの写真（コラージュなしの正面、帽子・サングラス・マスクなし）、運転免許証か健康保険証、手数料300円を1階市民課に持参し手続きを行う。即時発行。

　石垣市から転出する場合はカードを返納しなければならない。